Árið 2000 voru sjómenn á smærri skipum sviptir veiðileyfi fyrir að hafa veitt meira en kvóti leyfði en þeir töldu Fiskistofu gera upp á milli manna.
„Fiskistofa er í herferð og sviptir útgerðarmenn veiðiheimildum fyrir tittlingaskít. Það versta er þó að útgerðarmönnum er mismunað með þeim hætti að stórútgerðir fá gjarnan að veiða þó skip þeirra séu komin yfir kvóta en smærri útgerðarmenn eru hundeltir,“ sagði Guðbjöm Jónsson, framkvæmdastjóri Landssambands íslenskra fiskiskipaeigenda, við DV um málið á sínum tíma en alls höfðu 33 skip verið svipt veiðileyfi og meirihluti þeirra kvótalítil skip.
Samtökin kröfðust þessa að Umboðsmaður Alþingis blandaði sér í málið en samtök töldu að þáverandi fiskveiðilög brytu gegn stjórnarskrá auk þess að Fiskistofa mismuni þeim sem minni eru.
„Við erum með það til alvarlegrar skoðunar að kæra Fiskistofu. Ég get staðið við að hún hefur leyft skipi að róa þrátt fyrir hundraða tonna umframafla á sama tíma og aðrir eru sviptir veiðileyfi fyrir að fara nokkum kíló fram úr kvótanum. Þegar ég hringdi i Fiskistofumenn vegna þessa báru þeir við tímaskorti. Það er auðvitað tómt bull og þeir vilja einfaldlega ekki svipta góðkunningja sína veiðileyfi,“ sagði Guðbjörn að lokum.
Þórður Ásgeirsson Fiskistofustjóri vísaði þessum ásökunum á bug í samtali við DV.
„Hjá okkur gildir að það eru sömu viðurlög við sömu brotum. Þar skiptir engu hvort sá brotlegi er stór eða smár.“